DYS’de düzenlenen belgeler kapsamında vergi ve harç istisnasından yararlanabilmek için sistem üzerinden ilgili belgeye ilişkin bir "istisna kayıt formu" bilgisayara indirilerek çıktısı alınır. İstisnayı uygulayacak kurum ve kuruluşlar uygulanan istisnaları bu forma kaydeder. (Bankaların sisteme entegrasyonuyla ilgili çalışmalar sürdürülmekte olup bu kuruluşların taraf olduğu işlemlerde uygulanan istisnaları doğrudan sisteme girişlerinin sağlanması planlanmaktadır. Şu aşamada bankacılık işlemleriyle ilgili istisnalar için de istisna kayıt formu kullanılabilir.)
İstisna kayıt formuna işlenen istisnalar yine DYS üzerinde firma tarafından belgeye kaydedilir. Üzerinde istisna kayıtlarının yer aldığı İstisna Kayıt Formları firma tarafından muhafaza edilir. DYS’de belge üzerine “Fatura Girişi “, “İstisna Fişi Girişi” ve “Hak Ediş Girişi” yapılmasına ilişkin detaylı bilgilere “Vergi Resim ve Harç İstisnası Modülü \ Firma Kullanıcı Kılavuzu Kullanıcı Kılavuzu” üzerinden erişilebilir.
